ID   ICLR_FAMILY; MATRIX.
AC   ZZ99999;
DT   Thu Sep 16 20:09:37 2004
DE   Bacterial regulatory proteins, iclR family profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=80;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=75;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.2094679; R2=0.0183997; TEXT='-LogE';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=342; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=234; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='G'; M=-1,-9,-30,-8,-18,-30,65,-19,-39,-18,-30,-20,1,-20,-18,-17,1,-19,-29,-21,-29,-18;
MA   /M: SY='S'; M=-3,-7,-21,-10,-4,-13,-9,-7,-14,-1,-14,-5,-2,-16,0,3,4,0,-9,-24,-10,-3;
MA   /M: SY='R'; M=-14,-7,-26,-8,0,-18,-19,1,-19,14,-16,-6,-2,-18,5,32,-7,-6,-12,-23,-7,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-1,-23,-18,-25,-17,0,-25,-17,14,-20,23,12,-21,-24,-16,-16,-16,-6,12,-22,-5,-17;
MA   /M: SY='P'; M=-7,-17,-36,-9,-1,-29,-14,-19,-20,-10,-29,-19,-16,72,-10,-19,-6,-8,-26,-30,-28,-9;
MA   /M: SY='L'; M=0,-25,-20,-28,-19,2,-24,-19,16,-23,27,16,-23,-19,-16,-20,-19,-8,9,-20,-4,-18;
MA   /M: SY='Y'; M=-8,-12,-25,-14,-11,3,-17,16,-10,-13,-7,-4,-8,-18,-8,-11,-8,-6,-12,-6,21,-12;
MA   /M: SY='A'; M=8,-12,3,-18,-14,-14,-13,-19,-12,-12,-12,-10,-10,-20,-12,-14,-1,-3,-5,-16,-12,-13;
MA   /M: SY='T'; M=2,-2,-13,-8,-10,-15,-1,-18,-16,-12,-17,-13,1,-12,-10,-12,20,31,-6,-30,-15,-10;
MA   /M: SY='A'; M=32,-8,-14,-13,-8,-22,8,-17,-17,-11,-18,-14,-4,-9,-8,-17,15,2,-7,-25,-21,-8;
MA   /M: SY='S'; M=5,-10,-8,-16,-14,-12,-9,-16,-3,-15,-7,0,-5,-17,-10,-15,8,7,2,-30,-14,-12;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-9,-17,-29,59,-18,-37,-18,-29,-19,1,-17,-17,-18,2,-17,-28,-22,-29,-17;
MA   /M: SY='R'; M=-13,-9,-29,-9,1,-19,-22,-5,-21,25,-13,-5,-6,-17,5,27,-14,-10,-16,-13,-5,1;
MA   /M: SY='V'; M=15,-19,-12,-25,-19,-8,-18,-23,11,-18,5,2,-17,-19,-17,-20,-2,2,17,-25,-12,-19;
MA   /M: SY='L'; M=-11,-28,-22,-32,-23,16,-29,-17,15,-25,24,14,-26,-27,-20,-20,-24,-11,6,2,13,-22;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-26,-20,-26,-19,8,-28,-16,16,-26,39,17,-26,-28,-18,-19,-25,-9,8,-18,4,-19;
MA   /M: SY='A'; M=34,-9,-12,-16,-9,-18,-1,-18,-12,-11,-14,-12,-7,-12,-9,-18,14,3,-3,-20,-17,-9;
MA   /M: SY='Y'; M=-2,-13,-21,-16,-12,7,-15,-1,-13,-13,-9,-8,-10,-19,-12,-13,-8,-9,-12,4,12,-12;
MA   /M: SY='L'; M=-8,-22,-14,-24,-15,4,-24,-14,6,-19,23,14,-21,-25,-11,-13,-19,-9,2,-20,-2,-13;
MA   /M: SY='P'; M=-4,3,-28,8,3,-28,-8,-11,-24,-6,-27,-20,-1,27,-6,-14,3,-2,-23,-32,-23,-3;
MA   /M: SY='E'; M=-9,7,-24,14,25,-27,-18,-5,-25,4,-19,-15,-1,-2,8,1,-1,-6,-21,-30,-18,16;
MA   /M: SY='E'; M=-2,8,-24,11,15,-27,-11,-5,-24,3,-19,-15,3,-6,6,-2,2,-3,-20,-28,-17,10;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-8,2,-27,7,29,-23,-19,-1,-20,4,-15,-12,-4,-6,15,1,-2,-8,-19,-25,-12,21; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='R'; M=-7,-16,-20,-19,-10,-10,-23,-13,0,-4,2,3,-13,-20,-2,5,-10,-5,2,-18,-6,-7; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-8,0,-21,2,13,-21,-19,-3,-16,3,-10,-7,-2,-12,10,4,-4,-5,-15,-25,-12,11; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=4,0,-21,0,11,-19,-13,-2,-17,0,-14,-9,-2,-11,8,-3,3,-3,-15,-22,-8,9; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-24,-23,-27,-20,10,-26,-11,14,-21,20,11,-22,-25,-16,-17,-20,-9,6,-5,14,-20; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-26,-22,-29,-21,7,-29,-20,21,-22,23,13,-22,-24,-18,-17,-20,-8,14,-14,3,-21; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-2,3,-22,6,16,-23,-12,-6,-22,3,-16,-14,-1,-2,2,-1,-2,-7,-19,-27,-17,8; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='R'; M=-3,-2,-21,-2,1,-18,-8,-2,-17,4,-15,-8,0,-9,4,8,-1,-4,-14,-19,-8,1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='H'; M=-4,-3,-13,-4,-2,-6,-10,3,-6,-3,-5,-2,-1,-8,-1,-1,-1,-2,-6,-12,1,-2; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=0; MD=-10; IM=0; DM=-10;
MA   /M: SY='M'; M=-4,-9,-11,-11,-6,-4,-9,-4,-4,-7,0,1,-7,-13,-2,-4,-6,-4,-4,-12,-2,-5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-2,-14,-2,2,-17,-7,-8,-14,1,-13,-9,-2,-8,2,2,1,-1,-9,-20,-12,1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-13,-20,-14,-7,2,-16,-11,-4,-9,6,0,-12,-9,-10,-6,-13,-8,-6,-12,-2,-9; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: M=-3,-8,-23,-8,-2,-15,-14,-8,-11,-3,-9,-6,-8,0,-2,-4,-6,-5,-11,-17,-9,-4; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-5,-4,-24,-4,6,-21,-14,-4,-15,-1,-15,-9,-4,3,5,-1,0,-1,-15,-25,-13,4; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='F'; M=-6,-15,-18,-17,-10,1,-16,-9,-6,-10,-2,-3,-12,-8,-11,-8,-9,-6,-6,-11,-1,-11; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='T'; M=5,-5,-9,-9,-7,-12,-7,-13,-10,-7,-9,-8,-3,-5,-7,-9,7,15,-5,-21,-11,-8; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='E'; M=-2,1,-20,3,4,-18,-7,-4,-18,1,-16,-12,0,3,1,3,0,-4,-16,-20,-12,1; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='N'; M=-7,0,-22,-2,-3,-9,-11,0,-15,-4,-12,-9,4,-12,-5,-2,-2,-2,-14,-20,-3,-5; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='T'; M=0,-4,-19,-7,-3,-16,-12,-11,-16,-8,-15,-12,-4,-4,-4,-9,7,15,-12,-17,-11,-4; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='I'; M=-6,-19,-25,-21,-12,-7,-23,-18,10,-16,5,3,-15,-9,-10,-15,-11,-7,4,-18,-6,-13; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; MD=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='T'; M=-2,-5,-16,-10,-7,-13,-19,-12,-7,-4,-8,-5,-3,-13,-6,-4,3,12,-2,-26,-9,-7; D=-2;
MA   /I: I=-2; MI=-10; IM=-10; DM=-10;
MA   /M: SY='D'; M=-5,9,-18,10,3,-21,-15,-4,-16,-8,-13,-11,4,-12,-1,-9,3,2,-13,-32,-14,0;
MA   /M: SY='P'; M=-8,-11,-29,-9,2,-19,-20,-12,-14,1,-11,-7,-11,12,-2,2,-9,-7,-16,-22,-15,-2;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='E'; M=-7,3,-26,8,19,-25,-18,-2,-21,7,-16,-12,-2,-7,8,5,-3,-8,-17,-27,-14,13; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='E'; M=-1,-2,-22,-2,3,-17,-12,-7,-15,-4,-12,-9,-3,-14,1,-4,1,-1,-11,-25,-11,1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-28,-20,-31,-22,18,-29,-20,14,-27,31,13,-27,-28,-23,-19,-23,-7,10,-8,6,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-9,-8,-25,-9,-1,-9,-20,-2,-10,0,0,0,-6,-19,-3,3,-12,-9,-11,-18,-3,-2;
MA   /M: SY='E'; M=-1,2,-24,2,14,-25,-15,-2,-24,12,-20,-13,2,-10,9,14,1,-3,-19,-26,-14,10;
MA   /M: SY='E'; M=-3,2,-22,6,21,-24,-15,-3,-22,3,-16,-13,-2,-10,8,2,0,-5,-18,-27,-14,14;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-28,-21,-31,-22,5,-30,-22,24,-24,30,17,-25,-26,-19,-17,-22,-8,17,-20,-2,-22;
MA   /M: SY='E'; M=3,4,-24,7,10,-27,-12,-4,-22,5,-19,-13,0,-9,7,1,0,-7,-16,-26,-15,8;
MA   /M: SY='Q'; M=-3,-1,-25,-1,12,-24,-16,-1,-18,5,-13,-6,-2,-12,15,4,-2,-5,-17,-25,-12,13;
MA   /M: SY='V'; M=4,-21,-17,-27,-22,-2,-23,-24,18,-20,5,5,-18,-21,-20,-21,-5,3,21,-21,-4,-22;
MA   /M: SY='R'; M=-10,-10,-24,-11,-2,-18,-15,-6,-21,16,-17,-8,-4,-19,5,33,-7,-9,-14,-20,-9,-1;
MA   /M: SY='E'; M=-3,0,-26,0,12,-25,-13,-1,-23,10,-18,-10,0,-12,11,11,-1,-7,-19,-25,-13,11;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,3,-24,2,7,-22,-13,-3,-20,3,-15,-10,4,-14,9,7,1,1,-18,-26,-11,7;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-7,-30,-7,-16,-29,59,-17,-39,-15,-29,-20,2,-19,-16,-14,0,-18,-29,-21,-28,-16;
MA   /M: SY='Y'; M=-14,-23,-27,-25,-22,26,-28,2,2,-16,3,0,-22,-28,-17,-14,-19,-9,-3,25,48,-21;
MA   /M: SY='A'; M=18,-10,6,-16,-11,-16,-5,-13,-17,-13,-16,-13,-6,-17,-11,-15,9,1,-7,-28,-17,-11;
MA   /M: SY='V'; M=-6,-18,-22,-21,-14,1,-21,-13,6,-16,5,4,-16,-22,-13,-13,-11,-5,7,-14,2,-15;
MA   /M: SY='D'; M=-5,9,-21,13,1,-18,-12,-9,-15,-8,-18,-14,5,-15,-5,-10,7,0,-9,-28,-13,-2;
MA   /M: SY='B'; M=-10,4,-21,3,-2,-16,-18,2,-10,-6,-10,-5,3,-16,-3,-6,-5,-6,-10,-27,-6,-4;
MA   /M: SY='E'; M=-4,5,-26,8,16,-29,9,-6,-29,-3,-24,-17,5,-10,7,-7,6,-7,-25,-28,-21,12;
MA   /M: SY='E'; M=-8,6,-28,13,38,-26,-12,-4,-24,2,-15,-15,-2,-6,11,-5,-2,-9,-23,-28,-18,24;
MA   /M: SY='Y'; M=-7,-10,-25,-12,-9,-7,-18,2,-7,-10,-5,-4,-5,-21,-5,-7,-8,-7,-9,-5,4,-8;
MA   /M: SY='E'; M=-7,1,-25,3,19,-17,-18,-4,-15,-1,-10,-7,-4,-11,5,-5,-4,-5,-15,-22,-9,11;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-9,-26,-8,4,-16,-21,-9,-7,-7,-9,-7,-8,4,-1,-8,-4,-5,-10,-26,-11,-1;
MA   /M: SY='G'; M=-2,-5,-28,-5,-12,-22,41,-13,-33,-15,-25,-18,2,-16,-15,-15,0,-15,-26,-20,-20,-14;
MA   /M: SY='V'; M=-3,-18,-17,-24,-19,-2,-26,-21,16,-19,10,9,-16,-20,-15,-18,-6,7,17,-25,-6,-18;
MA   /M: M=-4,-7,-13,-12,-11,-9,-13,-3,-13,-7,-13,-7,-1,-20,-8,0,-2,-3,-9,-20,-5,-11;
MA   /M: SY='C'; M=12,-10,30,-17,-15,-20,-6,-20,-20,-17,-19,-15,-6,-21,-15,-20,10,1,-8,-36,-23,-15;
MA   /M: SY='I'; M=-3,-27,-20,-31,-25,5,-30,-24,27,-24,20,12,-23,-24,-21,-22,-16,-5,23,-20,0,-25;
MA   /M: SY='A'; M=35,-9,-14,-15,-10,-22,9,-18,-16,-11,-16,-13,-6,-9,-10,-18,13,0,-7,-23,-22,-10;
MA   /M: SY='A'; M=22,-18,-11,-23,-18,-11,-14,-22,7,-15,-1,1,-17,-18,-17,-19,2,2,19,-25,-14,-17;
MA   /M: SY='P'; M=-1,-18,-31,-12,-3,-27,-16,-20,-18,-10,-24,-17,-18,63,-10,-17,-7,-8,-23,-29,-27,-11;
MA   /M: SY='I'; M=-7,-29,-22,-34,-27,3,-34,-26,34,-25,19,15,-23,-24,-22,-23,-17,-6,30,-22,-1,-27;
MA   /M: SY='F'; M=-17,-18,-21,-20,-12,14,-26,-5,-8,-7,1,-1,-14,-25,-12,5,-17,-11,-8,-3,14,-13;
MA   /M: SY='B'; M=-3,21,-24,21,3,-27,-2,-1,-26,-3,-23,-18,17,-12,-2,-6,3,-4,-22,-32,-17,0;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
//